De strofe-indeling kan helpen om de opbouw van de tekst te zien. De eerste helft van Psalm 39, 39:2-7, vormt de achtergrond, het verhaal, bij het gebed dat in 39:8-14 volgt. De eerste helft is in de verleden tijd, de tweede helft in de tegenwoordige tijd (behalve Psalm 39:10 waarin verwezen wordt naar het verleden van 39:2-7).

In de NBV zijn de twee delen met witregels in meerdere strofen verdeeld. In het eerste deel een strofe voor het besluit te zwijgen (Psalm 39:2), een strofe voor het proces waarin het zwijgen onmogelijk bleek te zijn (39:3-4) en een strofe voor het spreken dat dan volgt (39:5-7). Het tweede deel heeft bij elke nieuwe aanzet in het gebed een strofe: in Psalm 39:8 en 39:13 wordt de HEER aangesproken, in Psalm 39:10 wordt teruggekeken naar 39:2-3.