Een opvallend aspect van het Johannes-evangelie is dat in sommige passages Joden tamelijk negatief afgeschilderd worden. Sommigen stellen dat deze passages in het bijzonder betrekking hebben op Joodse leiders. Anderen zien ze als een weerspiegeling van de verslechterde verhouding tussen joden en christenen aan het eind van de eerste eeuw. Weer anderen onderstrepen dat discussies tussen ‘de Joden’ en Jezus in het evangelie vaak verwijzen naar discussies tussen verschillende groepen christenen in de tijd waarin het evangelie ontstond. Johannes zou dan het conflict van zijn dagen terug in de tijd projecteren, alsof het gaat om een conflict tussen de historische Jezus en zijn directe omstanders. De identificatie van de Joden moet dan niet gebeuren op het niveau van de historische Jezus, maar op dat van de auteur, die met ‘Joden’ christenen zou aanduiden die andere opvattingen hadden dan de groep christenen rond Johannes.